Las funciones que cumple actualmente el INDECA son:

 a) Internación de alimentos donados por el PMA al territorio    guatemalteco.

 b) Recepción en bodegas de alimentos que el PMA compra localmente;

c) Almacenar y mantener en buen estado los alimentos de acuerdo a estándares internacionales de almacenamiento.

d) Atender los despachos de alimentos de las entidades que distribuyen a las comunidades beneficiarias; e) mantener en condiciones adecuadas la infraestructura de las bodegas.

El INDECA cuenta actualmente con 5 estaciones que están siendo utilizadas para almacenar el producto donado por el PMA, ubicadas en Fraijanes, Quetzaltenango, Chimaltenango, Retalhuleu y Los Amates. La capacidad total de las bodegas mencionadas es de 7,500 toneladas métricas (TM) para almacenar alimento del PMA Y 3,613 (TM) para alimentos de otros programas  del Ministerio de Agricultura, Ganadería y Alimentación -MAGA -.

El INDECA  se encarga de almacenar y resguardar los alimentos donados, que consisten principalmente en maíz (amarillo y blanco), frijol (negro y rojo), arroz, leche en polvo, aceite vegetal y harina de maíz y soya (CSB)  y otras harinas para elaboración de bebidas nutritivas.